Xã Liên Ninh nằm ở phía nam huyện Thanh Trì. Ranh giới hành chính như sau:

• Phía đông giáp xã Đông Mỹ, huyện Thanh Trì;
• Phía nam giáp các xã Duyên Thái và Nhị Khê, huyện Thường Tín;
• Phía tây giáp xã Nhị Khê, huyện Thường Tín và xã Ngọc Hồi, huyện Thanh Trì;
• Phía bắc giáp các xã Ngọc Hồi và Ngũ Hiệp, huyện Thanh Trì.

Hiện nay đường cao tốc Pháp Vân Cầu Giẽ chạy qua xã Liên ninh và làm thành ranh giới một bên là làng Thọ am, Nội am; một bên là làng Phương Nhị và Yên Phú.